Сибирский научно-исследовательский институт растениеводства и селекции ведет свою историю с 1936 года, когда в соответствии с постановлением Совнаркома СССР, на территории Новосибирского района была организована Западно-Сибирская краевая опытная станция зернового хозяйства. В 1938 году она реорганизуется в Новосибирскую государственную селекционную станцию, а в 1956 году в Новосибирскую государственную областную сельскохозяйственную опытную станцию. Основными направлениями деятельности станции являются подбор и создание новых сортов сельскохозяйственных культур, приспособленных к почвенно-климатическим условиям региона, организация семеноводческой работы.
В 1972 году на базе опытной станции создается Сибирский филиал Всесоюзного НИИ растениеводства им. Н.И. Вавилова. Изменяется структура учреждения, организованы отделы растительных ресурсов, селекции зерновых, зернобобовых и крупяных культур, овощеводства и картофелеводства, семеноводства. Приоритетным направлением исследований филиала является сбор, изучение и формирование сибирского генофонда сельскохозяйственных растений. На опытных полях института изучается самый большой за Уралом набор различных сельскохозяйственных культур из мировой коллекции ВИР – до 16 тыс. сортообразцов из 40 стран мира. Формируется специфический сибирский генофонд мировых растительных ресурсов с уникальными донорскими способностями. Организуются экспедиции по Уралу, Западной и Восточной Сибири по сбору местных образцов кормовых, зерновых, овощных культур.
С февраля 1977 года Сибирский филиал ВИР преобразован в Сибирский научно-исследовательский институт растениеводства и селекции в составе Сибирского отделения ВАСХНИЛ. В этом же году институт утверждается приказом МСХ СССР селекционным центром. В зону его деятельности вошли Новосибирская, Томская и Кемеровская области.
С 29 апреля 2015 года СибНИИРС вошел в состав Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук» в качестве филиала (СибНИИРС – филиал ИЦиГ СО РАН).